故事舞台设定在有严格等级制度，学生分为学生会长，学生会成员和亲卫队选民，以及平民三个等级的岚之丘学园，神秘转校生清水小百合却破坏了规矩，她不服从学生会，我行我素，与学生会发生冲突。

20世纪上半叶，战争的阴影笼罩全球，久久不退。生命的价值日渐低微，众生被迫成为利益集团的牺牲品与实验品。东亚一隅，明治维新后的日本不断向外扩张、野心也不断膨胀。数次对俄战争的胜利，让这个民族变得愈发狂热。然而随着战争规模的扩大，资源短缺成为了限制日军继续扩张的首要难题。时德、苏等国的科学家不断开发生